我國畜牧業(yè)綜合生產(chǎn)能力顯著增強，畜產(chǎn)品總產(chǎn)量大幅提升，畜禽產(chǎn)品結構逐步優(yōu)化，畜牧飼養(yǎng)模式已由低生產(chǎn)力的農(nóng)戶散養(yǎng)模式向高生產(chǎn)力的集約化養(yǎng)殖模式轉變，形成了區(qū)域化的畜禽生產(chǎn)布局。但畜禽養(yǎng)殖污染防治工作起步晚，起點低，管理基礎薄弱，與規(guī)模化畜禽養(yǎng)殖的快速發(fā)展嚴重脫節(jié)。自2007年太湖藍藻事件發(fā)生以來，水危機引起了黨中央、國務院的高度重視以及社會各界的廣泛關注，畜牧業(yè)與環(huán)境保護之間的矛盾日益突出，畜禽養(yǎng)殖污染成為農(nóng)業(yè)面源污染以及水環(huán)境污染的重要內容。

目前，畜禽養(yǎng)殖的規(guī)模參差不齊，小規(guī)模及散養(yǎng)養(yǎng)殖仍占有相當大的比重，造成污染治理的難度加大。同時區(qū)域之間畜禽養(yǎng)殖量差異性極大，現(xiàn)有土地的載畜量極其不平衡。如太湖流域單位耕地面積標準生豬載畜量為0.036頭/hm2，養(yǎng)殖總量總體合理，但區(qū)域養(yǎng)殖量不平衡，部分地區(qū)單位耕地面積載畜量已遠遠超出標準，造成局部畜禽污染嚴重。而根據(jù)各級糞污治理項目來看，糞污處理設施建設多以沼氣工程、三分離一凈化、發(fā)酵床為主要內容，但都存在局限性，不能徹底解決糞污問題。如沼氣工程缺乏后處理，有利于農(nóng)作物生長的沼液和改善土壤的沼渣若利用不當會嚴重污染農(nóng)田和土壤，且大多養(yǎng)殖場重建輕管，設施運行易發(fā)故障;凈化設備需24h運行,耗電大，運行成本高;發(fā)酵床占地面積大，不適宜土地緊張的蘇南地區(qū)等。同時，污染防治設施的建設和運行成本讓多數(shù)養(yǎng)殖場無力承擔，“達標排放”模式不但很難解決畜牧業(yè)

環(huán)境污染問題，還會對畜禽糞便資源造成浪費。